مژکداران آغازیانی هستند که با استفاده از مژک حرکت می‌کنند و مژک‌ها دارای ضربان هماهنگی هستند. مژکداران دیواره‌ی سخت اما انعطاف‌پذیری دارند که امکان عبور آن‌ها را از موانع فراهم می‌کند. دو نوع واکوئل غذایی و ضربان‌دار در این سلول‌ها وجود دارد. واکوئل غذایی برای گوارش غذا و واکوئل ضربان‌دار برای تنظیم آب سلول است.
بیش‌تر مژکداران دو هسته دارند. هسته‌ی بزرگ که وظیفه‌ی آن تنظیم متابولیسم سلول است و هسته‌ی کوچک که در فرایند تولید مثل نقش دارد. روش معمول تولید مثل در این آغازیان تولید مثل غیر جنسی از طریق تقسیم میتوز است. تولید مثل جنسی بعد از چندین بار تولید مثل غیر جنسی انجام می‌شود. تولید مثل جنسی مژکداران از طریق هم‌جوشی انجام می‌شود.