این مدار اولیه بیضی بسیار کشیده‌ای بود که هر دور آن حدود 9 روز زمینی طول می‌کشید و برای عملیات علمی ابزار نصب شده روی فضاپیما مناسب نبود. از آن زمان تا کنون کاوشگر با روشن و خاموش کردن موتورهای خود سعی در کاهش انرژی مداری و به طبع آن کاهش ارتفاع نقطه اوج و حضیض مدار نموده است. در این مدت موتور اصلی سفینه دو بار در 20 و 23 آوریل 2006 و موتورهای جانبی آن 5 بار در 15، 26 و 30 آوریل و همچنین در سوم و ششم می 2006 آتش شدند تا رانش لازم برای مانور سفینه را فراهم کنند. ونوس‌اکسپرس اکنون در مداری بیضی شکل با دوره زمانی 24 ساعت که از قطبین زهره می‌گذرد به دور این سیاره می‌چرخد. نقطه اوج مدار این کاوشگر 66000 کیلومتر و نقطه حضیض آن تنها 250 کیلومتر ارتفاع دارد.

مدار کنونی Venus Express به گونه‌ای انتخاب شده است تا کاوشگر قادر به بررسی اتمسفر ، سطح و تأثیرات متقابل بادهای خورشیدی و اتمسفر زهره باشد. در مدار عملیاتی تجهیزات قادر خواهد بود اطلاعاتی با دقت بیشتر و دقیقتر از عوامل مورد نظری که برای آنها در نظر گرفته شده است، تهیه و توسط سیستم مخابراتی سفینه به زمین ارسال نمایند.

مدار حرکت ونوس‌اکسپرس به دور زهر، مداری قطبی است که به شکل بیضی می‌باشد. در این تصویر مراحل تغییر شکل و اندازه مدار در یک‌ ماه گذشته به خوبی پیدا است.

عملیات تصحیح مدار که از 22 آوریل 2006 آغاز شده است  تا اوایل ماه ژوئن همین سال به درازا خواهد انجامید. ابزار سفینه از این به بعد یک به یک روشن شده و بررسیهای مربوط به صحت و دقت روی آنها صورت خواهد پذیرفت. این مهم که تا اواسط ماه می طول خواهد کشید به دانشمندان فرصت می‌دهد تا خود را برای دریافت حجم عظیمی از اطلاعات علمی ارسالی از سیاره زهره که در چهارم ژوئن 2006 آغاز خواهد شد، آماده کنند.