درباره مختار و انگیزه او در این قیام قضاوت‏های گوناگون شده است. تا آنجا که بعضی دانشمندان طبقه اول و دوم از شیعیان درباره او نظر مساعدی ندارند. اما متأخران او را به نیکویی ستوده‏اند. مختار پس از قیام نافرجام سلیمان بن ضرد(رئیس پشیمانان) شیعیان را فراهم ساخت. او می‌دانست اگر بخواهد جنبش شیعه به نتیجه برسد، باید یکی از خاندان پیغمبر آن را رهبری کند یا لااقل جنبش به نام او آغاز شود. چه کسی برای این کار مناسب است؟ علی بن الحسین(علیهما‌السلام) - فرزند شهید آل محمد ـ و اگر او نپذیرد؟ محمد فرزند علی بن ابیطالب عموی علی بن الحسین(علیهما‌السلام) .

مختار بهر دو تن نامه نوشت. امام علی بن الحسین(علیهما‌السلام) که بی وفایی عراقیان و رنگ پذیری آنان را دیده بود و می‏دانست به گفته پدر بزرگوارش این مردم «دین را تا آنجا می‏خواهند که زندگانی خود را بدان سر و سامان دهند و هنگام آزمایش پای پس می‏نهند»، به مختار پاسخ مساعد نداد و تنها تا آنجا که کار او با کیفر قاتلان پدرش مربوط می‏شد کردار او را تصویب فرمود، چنانکه چون مختار سر عبیدالله بن زیاد و عمر بن سعد را نزد او فرستاد امام به سجده رفت و گفت: